К началу Великой Отечественной войны Горный Алтай входил в состав Алтайского края в качестве Ойротской автономной области со столицей в городе Ойрот-Тура (будущий Горно-Алтайск). Население региона к 1940 году составляло около 161 тыс. человек. При этом всего за годы войны в Рабоче-крестьянскую Красную армию вступило более 42,2 тыс. жителей, в том числе 11 тыс. добровольцев.
Из них погибли и пропали без вести 21,3 тыс. человек. Домой вернулись лишь около 10,4 тыс. горноалтайцев. По данным книг призывов областных военкоматов, имена 10,5 тыс. человек не найдены ни среди погибших, ни среди вернувшихся с фронта.
Уже эти цифры говорят о том, что выходцы с Горного Алтая внесли огромный вклад в общую для всех Победу. Они принимали участие в контрнаступлении под Москвой зимой 1941 года, в битвах под Сталинградом и на Курской дуге, в боях в Европе и при взятии Берлина.
В результате около 17 тыс. горноалтайцев были награждены орденами и медалями, а трое стали полными кавалерами ордена Боевой Славы. Звания Героя Советского Союза были удостоены 25 бойцов, из которых 17 получили награду в ходе освобождения Белоруссии и Украины.
Список Героев СССР: Геннадий Гордополов, Жанбек Елеусов, Феогент Ермолаев, Темирей Казаков, Дмитрий Камзараков, Александр Ленкин, Михаил Маскаев, Лаврентий Морозов, Николай Нагибин, Пимен Наговицын, Сергей Налимов, Илья Осипов, Михаил Паршуткин, Иван Семенов, Федор Стренин, Михаил Стяжкин, Семен Тартыков, Николай Трофимов, Евгений Трофимов, Кыдран Тугамбаев, Сергей Уфимцев, Николай Федоров, Василий Харитошкин, Вениамин Чевалков, Илья Шуклин.
Добавим, что Николай Игнатьевич Трофимов был одним из 28 панфиловцев, остановивших наступление немцев под Москвой у разъезда Дубосеково. В числе остальных бойцов за тот бой он получил звание Героя. Самым молодым героем стал Жанбек Елеусов, совершивший подвиг в ходе форсирования Днепра в 1943 году. Ему тогда было 18 лет. Наиболее возрастным — Тимофей Паршуткин, удостоенный звания героя в 48 лет за бои в Карелии и Ленинградской области.
Оставшиеся дома алтайцы также внесли свою огромную лепту в Победу в войне. Так, на нужды фронта в Ойротской автономной области работали швейная фабрика наркомата легкой промышленности, обозостроительный цех, войлочно-валяльная фабрика, городской кирзавод, 52 мастерских по пошиву одежды и обуви.
С июля 1941 года по спецзаданию правительства предприятия местной промышленности начали шить гимнастерки, шаровары, белье, шапки-ушанки, пилотки, патронташи, телогрейки. Кроме того, здесь производили пароконные брички, лыжи, валенки. Сырьё для оборонной промышленности поставляли вновь построенные Калгутинский рудник и Акташское ртутное предприятие. К слову, значение последнего резко возросло после захвата немцами Никитовки в Донбассе — крупнейшего центра ртутной промышленности.
Не меньший вклад внесли труженики сельского хозяйства. Ойротия традиционно была аграрным регионом с развитым животноводством. В годы войны здесь продолжали работать 282 колхоза. Если в 1940 году в них трудились более 12,5 тыс. мужчин, то к 1944 году мужчин осталось 2,6 тыс., а 84% колхозников составляли женщины. Трудностей добавляло то, что часть рабочих лошадей также были мобилизованы, а техника без квалифицированного ухода приходила в негодность. В частности, к концу войны в области не осталось ни одного грузовика.
Тем не менее за четыре военных года колхозники Горного Алтая передали государству 416 тыс. центнеров зерна, 217,6 тыс. центнеров мяса, 750 тыс. центнеров молока, более 1,3 тыс. центнеров животного масла, почти 16 тыс. центнеров шерсти, кожу, овчину. За самоотверженный доблестный труд 2,5 тыс. местных жителей были удостоены правительственных наград. В их числе Елена Упаева, Тана Марчина, Мария Чепрасова, Кадыр Ачубаев, Евдокия Киселева.
В годы войны Алтай продолжал принимать и обустраивать советских граждан, эвакуированных из охваченных войной регионов страны. Всего сюда прибыли более 7,8 тыс. человек, большинство из которых были из Ленинграда и с Украины. Среди эвакуированных было 627 евреев, 384 украинца, 61 белорус, 34 поляка, 25 эстонцев, 13 немцев, 11 татар, 8 латышей, 7 финнов, 4 молдаван, 3 хорватов, по 2 представителя грузин и мордвы, по одному итальянцу, литовцу и швейцарцу. Все остальные были русскими.
Многие из них благодаря своей квалификации заняли видные позиции в области и внесли большой вклад в её развитие. Так, директор научного института из Ленинграда Николай Парашин и пенсионерка из Москвы Софья Бричкина стали заместителями председателя Ойрот-Туринского (Горно-Алтайского, прим. ред.) горисполкома, Зиновий Коган из Чернигова работал старшим прокурором областной прокуратуры.
В связи с отсутствием здесь железной дороги, в Горный Алтай не были эвакуированы промышленные предприятия. Однако в 1942—1945 годах в Ойрот-Туре размещалась 2-я Ленинградская спецшкола Военно-воздушных сил СССР. В 2018 году в Горно-Алтайске установлен памятник — самолет L-39, посвященный летчикам Великой Отечественной войны.